1. 皮卡丘
EP001（神奇寶貝1）中初次登場，小智最初的寶可夢，具有頑強的性格，陪伴小智前往多個地區旅行，并且參加過大大致小數十場道館和聯盟大賽。實力出眾，擁有戰勝傳說的寶可夢雷吉艾斯和戰平拉帝歐斯的戰績。
2. 小火龍
小火龍本是被另一位訓練家拋棄的寶可夢，EP016（神奇寶貝1）中小智、小剛在雨中搭救使得小火龍最終加入了小智的隊伍。EP042中打敗椰蛋樹軍團后進化為火恐龍。EP045中為了與化石翼龍決斗，火恐龍強迫自己進化成了噴火龍。EP135中，小智將噴火龍留在了噴火龍山谷。隨后也多次回歸，并發揮了重要影響。
3. 大鉗蟹
小智在EP13（神奇寶貝1）收服的寶可夢。EP76的石英大會第一輪比賽中進化成巨鉗蟹。已知招式有夾住、踩踏、泡沫光線和破壞光線；曾用招式有水、瞪眼、變硬和蟹鉗錘。
4. 臭臭泥
EP030（神奇寶貝1）登場的破壞發電廠的臭泥首領，小智將其收服。常和大木博士及其他人黏在一起。喜歡壓住其他人和寶可夢。在石英大會，白銀大會和鈴蘭大會都有回歸。已知招式有泰山壓頂和污泥。
5. 妙蛙種子
EP010（神奇寶貝1）登場的守護寶可夢鄉的寶可夢，開始對小智有敵意，后釋疑。寶可夢鄉的少女為了妙蛙種子能夠增加經驗，讓小智將其收服帶走。EP50曾有機會進化成妙蛙草，然而拒絕進化，并學會了絕招日光束。EP226中妙蛙種子回到了真新鎮大木研究所，成為維持周邊寶可夢和諧相處的守護者。之后更曾參加城都聯盟和對戰開拓區的比賽。
6. 卡比獸
小智在EP095（神奇寶貝1）中收服的大胃王，非常特別，是一只懂得游泳而且速度亦比同類快的卡比獸。后來它參加過城都地區的寶可夢相撲大會，獲得優勝。后來卡比獸還參加過城都聯盟道館比賽及白銀大會、挑戰對戰開拓區的比賽和神奧聯盟比賽。
7. 赫拉克羅斯
EP120（神奇寶貝1）中，一只舍身保護被凱羅斯們攻擊的巴大蝶的赫拉克羅斯，被小智救出后，跟隨并幫助小智等人來帶凱羅斯的森林，擊敗。自愿跟隨小智，被小智收服。小霞不討厭的蟲寶可夢其中一個，性格溫順，喜歡吸食樹枝和妙娃種子身上樹汁，多次參加聯盟比賽，也參加過對戰開拓區的比賽。菊草葉神奇寶貝的故事
在一個動漫全球中，有著各種各樣的神奇寶貝。在某部作品的第127集中，小智遇到了一只名叫菊草葉的神奇寶貝。它非常喜歡小智，并常常妒忌皮卡丘總是能生活在神奇表神奇寶貝球之外。經過一系列的冒險和鍛煉，菊草葉在某次逃脫的追擊后，成功進化成了月桂葉。在前往芳緣的旅途中，小智為了讓它在大木研究所得到更好的照顧，將它留在了那里。菊草葉的絕招包括飛葉快刀、藤鞭等。
在另一集中，小智又收服了一只火球鼠。這只火球鼠剛開始的時候，火焰技能鍛煉得并不好，但在小智的悉心指導下，它逐漸成長并進化。火球鼠具有沖擊、電光一閃、煙幕等絕招，同樣在前往芳緣的旅途中被留在了大木研究所。
隨著故事的進行，小智又收服了其他多種神奇寶貝，如小鋸鱷、貓頭夜鷹、大針蜂等。其中，小鋸鱷非常喜歡跳舞，它的跳舞在戰斗中也有所幫助。而在一次天然公園的捕蟲大會中，小智收服了一只罕見色違的大針蜂，但大會結束后，它被送給了奈奈。
進入第二部后，小智又收服了許多新的神奇寶貝，如麻燕（傲骨燕）、草青蛙（木守宮）、龍蝦小兵等。其中，麻燕原本是傲骨燕群的首領，但在與小智的戰斗中被收服。而草青蛙則是從巨大樹上來的，有些叛逆但它也保護過關注著的大菊花。這些神奇寶貝都有各自的特性和絕招，是小智旅途中不可或缺的伙伴。它們或在旅途中被暫時留在大木研究所，或陪伴小智一同前行。
到了新的篇章中，還有更多的神奇寶貝加入了小智的隊伍。如雪童子在暴風雪中小智拼命保護后加入了隊伍，并進化成為冰鬼護；長尾猴偷走了小智的帽子后被收服；胖胖翁在尋找皮卡丘的途中也加入了小智的隊伍并進化成卷毛翁等。
還有一些未被正式收服但與小智有過一段故事的神奇寶貝，如鬼斯通、小火馬、由基拉等。它們都在不同的故事中給觀眾留下了深刻的印象。
除了這些神奇寶貝外，《精靈寶可夢’里面還有許多其他各具特色的精靈等待我們去探索和了解。比如皮卡丘、泳氣鼬、姆克兒和草苗龜等都是小智旅途中不可或缺的伙伴。它們各自有著特殊的能力和特性，在與敵人戰斗時總能發揮出意想不到的力量。無論是被留在大木研究所還是陪伴在小智身邊，它們都是這個故事中不可或缺的一部分。草苗龜是《精靈寶可夢鉆石與珍珠（第三部）’里面小智的神奇寶貝其中一個，它性格溫馴，會用咬的方式向訓練家表達愛意。當它口渴時，頭上的葉子會枯萎，因此它必須生活在靠近河流的區域。它的龜殼是由土壤構成，吸水后會變得更硬。
小編認為‘神奇寶貝鉆石&珍珠’里面，姆克鳥是小智收服的神奇寶貝，它在第13集時進化成主力神奇寶貝姆克鷹。椋鳥是它的另一種譯名。
小火猴是《精靈寶可夢鉆石與珍珠（第三部）’里面小智的神奇寶貝其中一個，它是一只猴子模樣的神奇寶貝，主要以橙色為主色調。它的火焰是由胃內氣體燃燒而產生的，與小火龍不同，它的火焰不會在雨中熄滅，但在睡眠時會熄滅。
小編認為‘精靈寶可夢鉆石與珍珠（第三部）’里面，雙尾怪手是小智的另一只神奇寶貝。它是一種普通系的長尾神奇寶貝，當它進化后，會有兩條尾巴，可以輕松剝開果實外殼。當它的尾巴圍成圓圈時，是表示友誼的證明。
天蝎是小智的另一只神奇寶貝，它一直貼在巖壁上，發現獵物時便猛撲過去。它喜歡用尾部的針攻擊獵物。在實施規劃的經過中，它的行動曾遭到的破壞。
圓陸鯊是《精靈寶可夢鉆石與珍珠’里面小智在157集收服的神奇寶貝。它是一只愛搗蛋的神奇寶貝，力量很大，喜歡用石頭砸人。
天蝎王是小智的另一只神奇寶貝，它會用尾巴吊在樹上觀察獵物，接著趁其不備時從空中發起襲擊。
樹林龜是小智的另一只神奇寶貝，生活在森林里的水源邊。白天它會從森林里出來，讓甲殼上的樹接受陽光照射。據說在森林里生活的樹林龜都有自己專用的清冽泉眼。
姆克鷹是小智的神奇寶貝其中一個，它是由白頭翁模樣的姆克鳥進化而來的。它的頭冠大大的突起，眼睛特別尖銳。雖然面對比自己身體大的敵人時也特別勇壯，但它也能溫和地抓起小神奇寶貝飛翔在天空。
